La source d'ionisation est très semblable à celle d'EI, on ajoute un gaz réactifs qui permet d'ioniser les analytes. Le bombardement électronique du gaz réactif crée un plasma.

Gaz réactif : Isobutane.

Source CI

Le plasma est formé principalement de C4H9+

Ce «super» acide peut transférer son proton sur l'analyte, les ions obtenus sont de types [M + H]+. On observe également quelques fragments spécifiques mais moins nombreux qu'en EI.

Ionisation de petites molécules peu polaires à légèrement polaires, utilisée en complément à l'EI (moins de fragments => Permet d'obtenir l'ion moléculaire plus facilement).